Forman un bello y sencillo conjunto arquitectónico construido durante la primera mitad del siglo XVII, cuando se amplían de nuevo los límites de la ciudad. A él se llega por una explanada presidida, en uno de sus extremos, por una imagen de la Inmaculada.

La austeridad de la fachada de la universidad se quiebra con ventanas y balcones de reja y una portada barroca con escalinata doble. Sobre la puerta, el escudo de la Universidad con el lema “Ex Alto”. En su interior merece destacarse el claustro cerrado con vidrieras. Junto a este edificio están el Monasterio y la Iglesia de los Jerónimos, orden que tuteló la Universidad hasta el año 1835. Su portada se adorna con un gran balcón, acompañado por los escudos episcopales y el de la Universidad, y sobre la puerta una inscripción dedicada a la ciencia y a la sabiduría. En su extremo se levanta la iglesia en estilo barroco. Este conjunto de edificios actualmente son la sede de la Diócesis de Sigüenza-Guadalajara, del Seminario Mayor y del Archivo Diocesano.